Nutzt du das FileManager Plugin? Wenn nein, dann liegt es nicht an einem deiner Skripts, sondern wird wohl an deinem Host liegen. Dann solltest du dich dort mit dem Support in Verbindung setzen.
Falls du das Plugin verwendest, und der Ordner immer nach dem Starten des Servers verschwindet, dann solltest du mal in deinem GameMode nach "scriptfiles" suchen, on das irgendwo gelöscht wird.
Wie gesagt, normalerweise löschen sich Ordner nicht von selbst. Mit FileZilla sollte es da ebenfalls keine Probleme geben, das nutze ich schon seit Jahren und kann dir versichern, dass das einwandfrei funktioniert, zumindest in dem Bereich.
Wird denn der Ordner erst gelöscht, wenn du den Server startest, oder ist der sofort wieder weg, nachdem du ihn erstellt hast, aber den Server noch gar nicht gestartet hast?
Wie bereits erwähnt, kannst du auch mal beim Support deines Hosters nachfragen, ob das Problem bekannt ist, vielleicht fehlen dir ja auch nur ein paar Rechte.
