mit nah .rar datei kanns du Daten Verschlüsseln 
entpacken kann sdu es auch nur mit einem Passwort.
DIes ist im Coding Bereich.
Welche Programmier Sprache ?
Ansonsten bist du in der falschen Sektion.
Lies die Datei aus, wende darauf eine beliebige Verschlüsselungsmethode die einen Key verwendet (bspw. XOR) an, speichere die Datei wieder.
Inwiefern hat das etwas mit htaccess zu tun? :o
http://aktuell.de.selfhtml.org/artikel/server/htaccess/
Damit kannst du die Zugriffsrechte einstellen.
edit: Beschreibung
edit2 : Rechtschreibung
.htaccess limitiert den Zugriff auf ein Webverzeichnis.
Das hat weder was mit Verschlüsslung noch mit den Dateien an sich zu tun.
Wenn du nicht willst, dass jemand Daten auf einem Webserver einsehen kann, benutz .htaccess.
Wenn du Dateien verschlüsseln willst solltest genauer sagen was du vorhast, man kann auch in
PHP Verschlüsselungsalgorithmen implementieren 
