Die Reihenfolge der Funktionen hat keinerlei Einfluss auf die Performance.
Includes sind auch keine Externen Datein, wenn man es kompiliert wird daraus die .pwn gebaut und zwar in dee Reihenfolge der Includes und zum Schluss kommt dann das was in der Hauptdatei steht. Daraus entsteht dann die .amx
Wirklich Modular scripten wird man da mit nicht, das dient eher der Übersichtlichkeit.
Möchte man Modulararbeiten sollte man sich mal y_master von Y_Less anschauen