Firewall? 
"lsof -i -n" zeigt dir aktive Verbindungen an + IP an. Wennn es nur ein paar IPs sind haste Glück.
http://www.fail2ban.org/wiki/index.php/Main_Page 
//Edit: Woher willst du wissen, dass es eine DDos Attacke war?
Eine "echte" DDoS-Attacke wird nach kurzer Zeit meist wieder beendet.
Folgende Fakten sprechen dafür, dass du das Problem bald los bist:
- Keine eigenen Server: Ein Botnet kostet eine menge Geld, wovon der "Mieter" des Botnets warscheinlich nicht gerade viel haben wird.
- Besitzer eines Servers: Der Rootserver-Anbieter des "Angreifers" wird (meist) kurz nach Start des Angriffs den Serverinhaber darauf ansprechen und ggf. den Server sperren.
Nur, wenn man ein eigenes Botnet hat, kann die Attacke ewig andauern.
Zum Problem selbst:
Du kannst deinen Server so gut schützen, wie du möchtest - Bei einer DDoS-Attacke wird alles nichts bringen.
Man könnte zwar die Anfragen der IPs verwerfen, wodurch die Hardware ein wenig geschützt wird, aber der entstehende Traffic bleibt weiterhin bestehen => Server ist nicht erreichbar.
Gruß
Julian
Eigentlich sollte die Firewall vom Rechenzentrum den DDOS blockieren. Und der Hoster kann dir per Telefon mitteilen, dass es ne DDOS Attacke ist, macht aber nichts dagegen? - Hat wohl jemand gespart 
Eine Software gegen DDOS gibt es bringt aber nichts wenn du nicht der Zielrechner bist:
http://deflate.medialayer.com/
Fisch dir die IP raus und setze sie auf die IP Table,
dafür könntest du diesen CMD in Putty nutzen:
iptables -I INPUT -s ipadressedesdossers -j REJECT --reject-with icmp-admin-prohibited
Wenn du einen guten Anbieter hast regelt der das für dich, wenn nicht ist es ein Drecks Anbieter
@NRJ das Problem ist meistens, dass die DDOS Attacke nicht von einer IP sondern von hunderderten IP Adressen ist (Botnet).
Dazu kommt noch, du musst dich intern Anmelden, weil wenn du extern über SSH verbinden willst, kommst ja nicht rauf, weil gerade ein DDOS stattfindet und dein Server nicht erreichbar ist.
Der Anbieter macht das nicht für dich, sondern er regelt das über die Hardwarefirewall. Ausser es ist ein managed Server wo der Hoster Rootzugriff hat.
Okay, aber ich kenne 3 Anbieter die direkt was gegen DDOS und Co. machen.
Eine Firewall und den Server richtig einstellen, so ist es mir immer gelungen mich zu Schützen und vom Bösen zu entwischen =)
Bitte, bitte, bitte => Wenn man keine Ahnung hat, einfach nichts schreiben, danke.
Dein Beitrag enthält mehr Blödsinn, als Sinn.
Der Traffic kann ausschließlich vom Serveranbieter ins Nirvana geroutet werden.
Sollte der Anbieter dies nicht machen, bist du dem Angriff ausgeliefert, sofern du wirklich das "Opfer" bist.
