Also, dein Vorgehen mal Step-by-Step:
Das minimal runscript lässt du bitte ruhen, das startet man nur um die Schlüssel zu generieren, für mehr auch nicht.
Du gibst "ps aux" in die Konsole ein (damit werden dir die Prozesse tabellarisch angezeigt), danach killst du mit kill XYZ den Prozess, XYZ ist hierbei die ID.
Hast du das erstmal hinter dir, gehst du in den TS-Ordner und löschst die ts3server.pid mit dem rm Befehl.
Hast du das erledigt, folgst du nochmal der Anleitung von Bobby und schaust, ob es funktioniert.